Аномальная зона или просто Зона расположена в северной части региона.
В силу неизвестных причин именно этот район подвергся самым необычным изменениям. Растительность и живность была полностью уничтожена, превратив землю в пустыню, радиационное заражение не оседает и не выветривается, держится в среднем положении, позволяя находиться там до 15 минут без средств защиты. В Зоне раскидано множество аномалий, которые по разному взаимодействуют с окружающей средой - попадание в аномалию смертельно опасно. А главное - там полным полно заражённых мутировавших людей, которые питаются живой плотью и получают Силу и способности от Зоны. Всё это делает Зону особенно привлекательным местом для исследователей, которые хотят воспользоваться неизвестными человечеству дарами природы.

На единственном уцелевшем мосту, через который можно попасть в Зону, военными создан блок-пост, называемый Кордон.

Он отделяет Зону от остального региона и позволяет удерживать всю нечисть, которая стремиться вырваться из неё. Кордон является стратегическим объектом, поэтому является неотъемлемой частью дежурства военных. За несение службы на Кордоне, а также за ликвидацию там всех нарушителей они получают награды. Простые граждане могут беспрепятственно проезжать в обе стороны, однако при этом соблюдая все меры предосторожности, ведь через это бутылочное горлышко пытаются пролезть и мутанты и бандиты и сталкеры, и зачастую Кордон является самым батальным местом Зоны. Кордон является террой между Военными и Заражёнными и во время пейдея даёт по +2ехр каждому, чья группировка защитила терру.

Анклав - это огороженная и строго охраняемая территория старого Научно-Исследовательского Института (НИИ), который занимался до катастрофы секретными разработками новейших систем вооружения. 

Под старым корпусом НИИ располагается огромный подземный комплекс "Улей", уходящий на много уровней вниз. В Улье находится лаборатория Учёных, штаб Военных, офис Псионной разведки, а также жилые помещения. Вновь сформированное правительство Сан Андреас - это и есть Анклав.
Все добытые ресурсы в регионе свозятся на Военные склады рядом с территорией Анклава, где жители могут купить их для себя.

Нефтезавод, находящийся недалеко от НИИ, чудом остался целым после катастрофы.

Сейчас инженеры его отремонтировали и он вновь качает нефть и перерабатывает её в топливо в автоматическом режиме. Поддерживают его работу толковый мастер-оружейщик с позывным Нитро и его друг Костя-Механик, которые основали там инженерную службу. Работы связанные с техникой можно найти именно на Нефтезаводе - это и дальнобойщики, и вывоз трупов, и рейсы на автобусах.

В карьере возобновлена работа уранового рудника.

Там на глубине 130 метров рабочие долбят руду,а транспортёр поднимает её наверх, где она на огромных самосвалах доставляется на плавильный завод для очистки от примесей. Часто на руднике попадаются алмазы и золотые самородки, что делает это место привлекательным для всех, кто хочет быстро разжиться деньгами. Рудник этот оккупирован Бандитами, которые не боятся никаких проверок и зачисток в самой ж...пе Зоны, да ещё и на такой глубине. Поэтому нередко на рудник привозятся рабы, которых заставляют работать бесплатно, а для девушек-рабынь отведена специальная комнатка для сексуальных утех. В одном из закутков пещеры рудника оборудована база где и содержатся рабы. Там же находится и магазин, где можно поесть, не поднимаясь на поверхность, и вывести радиацию, ведь урановая руда сильно фонит. Также там можно купить или продать любой артефакт на черном рынке.

Недалеко от завода куда свозят урановую руду находится Свалка, на которую вывозили весь заражённый хлам при очистке Порта.

В связи с этим на Свалке можно найти большое кол-во аномалий и артефактов, что делает её любимым местом Сталкеров. Ну и конечно же где Сталкеры там и Бандиты! Свалка является спорной территорией между этими группировками и во время пейдея выдаётся по 2 ехр тому, чья группировка являла обладательницей территории.

Дамба, которую наверняка все видели, является штабом для группы учёных, именующих себя как проект Чистая Вода.

Это очень продвинутые учёные, финансируемые частными фондами, обладающие передовым оборудованием. Они заключили сделку с правительством, получив аккредитацию на свои исследования в Зоне. В замен эти учёные обязуются снабжать регион водой, очищенной по особой технологии, а также они предоставляют рабочие места добровольцам, готовым добывать для них различные образцы морской флоры и фауны для исследований.

Базы некоторых группировок находятся в Зоне, например Сталкеры занимают территорию старого аэродрома, Бандиты устроили малину на горе за Дамбой рядом с деревней Бруджас, а логово мутантов располагается в помещении большого Радара в Карсон-Сити.

После ядерной бомбардировки Сан-Фиеро, выжившие начали заселять много численные деревни Зоны, собираясь в общины. Эти кланы собирают ресурсы, защищают деревни от набегов мутантов и мародёров и в тоже время сами не прочь поживиться чужим добром.